プロローグ
　婦警候補生の野明。特機部隊適性検査に臨むが、これがまたどうも。
　かくして特車２課に配属となる野明は。

【第01話】The light staff（あっ軽い人びと）
　ついに特車隊に配属された野明だが隊員は自分をいれ３人。
　オフィスも未完成。イングラムもまだなかった。

【第02話】シャフト
　やっと職場に慣れてきた野明。それを陰から見る黒い影。
　そしてついに強敵が現われる。ブロッケン登場。

【第03話】活性因子
　アルフォンスが勝手に動いている？
　止めにかかった太田は簡単にあしらわれる。そして中から出てきたのは。

【閑話休題】インターミッション
　ある廃ビルで訓練することになった第二小隊。
　しかしそこは幽霊屋敷だった。そして真実は解明される。

【第04話】GAME MAKER
　軍用レイバーまで現われるようになり苦戦する２課。
　その影でシャフト企画７課も本格的に動き始める。

【第05話】OUT OF STANDARD（規格外品）
　イングラムの量産機導入が噂され野明はあわてる。
　折りよくレイバーショウに出品されたが、その会場で…。

【第06話】"VS"（バーサス）
　空へ飛び去ったグリフォンが再度姿を現わす。
　今度こそはと迎かえ撃つイングラムとの攻防の末ついに。

【第07話】AFTER CARE（アフター・ケア）
　熊耳が撃たれた現場にいたリチャード王の捜査も順調でなかった。
　しかし、遊馬はその男に見覚えがあった。

【第08話】お役にたちます
　奥多摩で研修中の第２小隊。
　自分の役割に疑問を持ち始めていた野明は、河原で流れてくるお札を発見する。

【第09話】廃棄物１３号
　東京湾で潜水作業員の行方不明が多発していた。
　警備中だった野明は、正体不明の生物に遭遇する。あれは…

【第10話】STRIKE BACK
　巨大生物はまだ東京湾に居座っていた。
　方法も決まった。敵もいる。じゃあ、やるっきゃない。

【番外編】太田さんのヒミツ
　太田の様子が変だ。不可解な行動に第二小隊の面々は盛り上がる。
　アニメの予約の為？女か？それとも…

【番外編】プールサイド
　隊長から割引券をもらった野明は遊馬とプールへ。
　二人はそこで生意気な小学生に出会う。実はその子は…。

【第11話】第三小隊の崩壊
　２課にエリートがやってきた。遂に新設される第３小隊の隊長さんだ。
　しかし彼は２課についていけるのか。

【第12話】メイキング・オブ・パトレイバー
　パトレイバーがドラマに！有名人に会える。
　意気洋々と警備にいった第２小隊だがそこで事件が起こる。

【番外編】キャッチボール
　野明の下に一つの小包が届く。故郷からの誕生日プレゼントであった。
　セーターと共にある物が入っていた。

【第13話】レイバーの憂鬱
　事業者と労働者の隔たりは、かくも大きいものであった。
　レイバー産業大手企業と労働者の真相が浮き出す。

【番外編】安全第一
　相変わらずレイバーを乱暴に扱う太田。
　何とかするよう言われた進士はシゲと共にある考えを実行するが。

【番外編】THE FATHER'S DAUGHTER
　おたけさんが一人で眠れなくなった。いったい何が彼女に起こったのか。
　そして、彼女に一通の手紙が届く。

【番外編】雪辱への前奏曲
　晴海の一件等の捜査はシャフトという壁に阻まれていた。
　そして、ついに企画７課が再始動する。

【第14話】嵐の到来
　週刊誌に篠原重工の批評と汚職疑惑記事が掲載される。
　一方、企画７課はグリフォンの調整に入っていた。

【第15話】黒いレイバー
　イングラムの賄賂疑惑に動揺する野明。遊馬の態度は野明を逆なでした。
　後藤は隊員の配置転換を命令する。

【第16話】とげとげしい三日間
　実家の贈賄疑惑に動揺した遊馬。第２小隊もいやな雰囲気だった。
　遊馬は親父に直接問いただしにいくが。

【第17話】グリフォン
　内海はグリフォンの性能を証明するため、イングラムとの対戦を考える。
　しかし、黒崎は危険を感じていた。

【第18話】崩壊
　人身売買捜査のため来日した香貫花は熊耳を訪ねる。
　野明は、人身売買カタログにバドを見つける。

【第19話】イングラム
　野明はバドを保護する。一方熊耳は単身内海に会いに行く。
　そして内海はグリフォンを携え２課に乗り込む。

【最終話】THE RIGHT STAFF -正しい資質-
　ついにイングラムでグリフォンを倒した野明。２課も元に戻りつつあった。
　そしてまた第２小隊は出動する。